Так, ви все робили правильно.

У штатному розписі завжди вказується повна ставка (1 одиниця) та повний посадовий оклад.
Якщо працівник працює на 0,75 ставки, це відображається у наказі про прийняття (або переведення) та в табелі обліку робочого часу.
Нарахування зарплати має бути пропорційно відпрацьованому часу, так як ви і нараховували: 28000×0,75=21000

Якщо директор вийшов на повну ставку, у штатному вам нічого відображати не потрібно. Оскільки у вас і так була вказана 1 одиниця з окладом 28 000 грн, то змінювати саму структуру штатного розпису не потрібно, якщо оклад залишається на рівні 28 000 грн. А от наказ про встановлення повного робочого часу потрібно видати.

Підставюо для видачі наказу є заява директора (якщо ініціатива від нього) або Рішення власників/Протокол загальних зборів (якщо це передбачено Статутом).
В наказі може бути текст : "Встановити директору [Прізвище, Імя, По батькові] з 01.01.2026 повну тривалість робочого часу (40 годин на тиждень) з посадовим окладом 28000 згідно зі штатним розписом".
Директор підписує наказ і ставить відмітку "З наказом ознайомлений".

Раді допомогти, звертайтесь ще!