Так, може.

Відповідно до ч. 3 ст. 119 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n709) за працівниками, призваними на військову службу, у т. ч. і шляхом укладення контракту, на особливий період, на строк до його закінчення або до дня фактичного звільнення з військової служби зберігаються місце роботи і посада на підприємстві, де вони працювали на час призову. Але наведена норма є гарантією збереження робочого місця на певний період, а не обов'язку працівників повернутися на це місце роботи – тому за власним бажанням за ст. 38 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n218) Ви можете звільнити працівника і у період його перебування на військовій службі.

Для звільнення Вам жодних додаткових документів не потрібно – лише заява працівника про звільнення та Ваш наказ (видавати наказ про припинення увільнення на період військової служби не потрібно – увільнення припиниться автоматично в день звільнення працівника).

Раді допомогти, звертайтесь ще!