Залежно від того, на яку саме відпустку працівник написав заяву.

Якщо мова йде про відпустку, надання якої передбачено ч. 4 ст. 12 Закону «Про організацію трудових відносин в умовах воєнного стану» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2136-20/conv#n43) працівникам, які виїхали за межі України, строком до 90 календарних днів, то в її наданні роботодавець не може відмовити – він зобов'язаний надати таку відпустку за заявою працівника.

У разі ж, якщо працівник подав заяву про надання відпустки без збереження заробітної плати за згодою сторін за ст. 26 Закону «Про відпустки» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/504/96-%D0%B2%D1%80/conv#n298), то роботодавець вправі її не надати, тому Вашого працівника можна звільнити за прогул без поважних причин за п. 4 ст. 40 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n231), оскільки він вирішив, що вправі перебувати у такій відпустці, ще не ознайомившись з наказом про її надання, бо його й не було видано.

Раді допомогти, звертайтесь ще!