Назва посади «заступник директора» належить до похідних посад, назви яких, переважно, утворено за допомогою похідних слів «заступник», «змінний» до базових професій (професійних назв робіт), які належать до класифікаційного угруповання з кодом 1210.1 «Керівники підприємств, установ та організацій» Національного класифікатору України ДК 003:2010 «Класифікатор професій», затвердженого наказом Державного комітету України з питань технічного регулювання та споживчої політики від 28.07.2010 № 327 https://zakon.rada.gov.ua/rada/show/va327609-10#Text

Обидва варіанти, "заступник директора товариства" та "заступник директора підприємства", є правильними і можуть використовуватися, але мають різні контексти.

"Заступник директора підприємства" - це загальний термін, який може застосовуватись до будь-якого типу підприємства, незалежно від його організаційно-правової форми (ТОВ, АТ, державне підприємство тощо).

"Заступник директора товариства" зазвичай використовується у контексті товариств з обмеженою відповідальністю (ТОВ) або акціонерних товариств (АТ).

Якщо у вас у Статуті Товариства назва посади керівника звучить "Директор підприємства" то і має бути назва посади "Заступник директора підприємства".
Також може бути назва посади "Заступник директора" , якщо у вас у штатному розписі та Статуті передбачена назва посади "Директор"

Раді допомогти, звертайтесь ще!