Так, має.

Відповідно до ч. 3 ст. 119 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n709) роботодавець зобов'язаний увільнити від роботи працівника, призваного на військову службу, у т. ч. і директора, та зберігати за ним місце роботи і посаду – тобто Ваш директор не може виконувати свої обов'язки саме за трудовим договором, проте ніщо не забороняє виконувати йому управлінські функції власника підприємства. Тож саме як власник він може і звільнити себе своїм рішення з роботи (але лише за ст. 38 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n218) – за власним бажанням), і прийняти на посаду директора іншого працівника.

Лише зверніть увагу, чи потрібно Вам саме звільнення з роботи засновника як директора – можливо, варто прийняти на час його увільнення від роботи іншого працівника за строковим трудовим договором (тоді після повернення з військової служби Вашого засновника-директора, він зможе надалі виконувати свої функції саме як найманий директор, а тимчасового працівника можна буде звільнити за п. 2 ст. 36 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n204) у зв'язку із закінчення строку трудового договору).

Раді допомогти, звертайтесь ще!