Так, можна – звільняйте працівника-засновника у загальному порядку за власним бажанням чи угодою сторін.

Те, що Ваш провідний інженер є засновником підприємства, жодним чином не впливає на його трудові відносини – процедури його прийняття на роботу, надання відпусток, звільнення тощо залишаються стандартними.

Тож він просто має подати директору заяву про звільнення за власним бажанням за ст. 38 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n218) чи за угодою сторін за п. 1 ст. 36 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n204), на підставі якої слід буде видати відповідний наказ – якихось особливостей у процедурі звільнення працівника, який одночасно є засновником, немає (деякі особливості є щодо директора, коли ним є засновник, а щодо інших випадків вони відсутні).

Раді допомогти, звертайтесь ще!