Так, звільняйте.

Відповідно до ч. 3 ст. 119 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n709) за працівниками, призваними на військову службу, у т. ч. і за мобілізацією, до дня фактичного звільнення зі служби зберігаються місце роботи і посада на підприємстві, на якому вони працювали на час призову. Але наведена норма є гарантією збереження робочого місця за окремими категоріями працівників на певний період, а не їх обов'язку повернутися на це місце роботи – тому якщо Ваш працівник не подав заяву про відкликання заяви щодо звільнення за власним бажанням, то Ви можете провести це звільнення і у період його перебування на військовій службі за ст. 38 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n218) (за власним бажанням).

Раді допомогти, звертайтесь ще!