Обидва варіанти допустимі, але для виробничих компаній зазвичай застосовують «Начальник відділу» (1221.2).

Код 1238 «Керівники установ (структурних підрозділів) із стандартизації, сертифікації та якості»- це керівники саме у сфері стандартизації/сертифікації/якості. Використовується, як правило, для органів сертифікації, лабораторій, відділів якості у виробничих і сервісних компаніях.

Код 1221.2 «Начальники відділів»- це більш загальна категорія - начальники відділів на підприємствах.
Відповідно до Примітки 2 Додатку Б (В) Класифікатора професій у назві посади можна уточнювати напрям- «Начальник відділу із стандартизації, сертифікації та якості» за Кодом КП 1221.2

Отже,

Якщо відділ буде займатися внутрішнім забезпеченням якості, відповідністю стандартам, технічними регламентами - логічніше брати 1221.2 «Начальник відділу із стандартизації, сертифікації та якості».
Якщо ж планується, що відділ матиме ще й зовнішні функції (акредитація, видача сертифікатів, офіційна оцінка відповідності) - тоді правильніше брати 1238 «Керівник структурного підрозділу із стандартизації, сертифікації та якості»

Раді допомогти, звертайтесь ще!