При підсумованому обліку робочого часу вихід на роботу регулюється графіком виходу на роботу (змінності), який розробляє роботодавець і погоджує з профспілкою, а якщо вона не створена – з іншим уповноваженим на представництво органом. Графіки виходу на роботу (змінності) розробляють так, щоб тривалість робочого часу за обліковий період не перевищувала нормальну кількість робочих годин, передбачену в ст. 50 та 51 КЗпП.
Тобто задача роботодавця розробити графіки роботи таким чином, що за обліковий період працівник виконав норму робочого часу. Проте інколи це не можливо і у працівників можуть виникнути надурочні години. Оплачують такі надурочні години в подвійному розмірі за правилами ст. 106 КЗпП в кінці облікового періоду (п. 10 Методичних рекомендацій №138). Якщо обліковий період місяць, то й оплата за роботу в надурочний час нараховуватиметься щомісячно, якщо обліковий період квартал – то у кінці кварталу, обліковий період дорівнює року – у цьому випадку надурочні години буде підраховано та сплачено у кінці року.
Кількість надурочних годин визначається як різниця між фактичними відпрацьованими годинами та розрахунковою нормою годин за цей період. При підрахунку нормальної кількості робочих годин облікового періоду потрібно виключити дні, які за графіком або розпорядком роботи припадають на час, упродовж якого працівник відповідно до законодавства був звільнений від виконання трудових обов’язків (через відпустку, виконання державних або громадських обов’язків, тимчасової непрацездатності тощо) (п. 12 Методичних рекомендацій № 138, лист Мінсоцполітики від 02.07.2018 №1139/0/101-18/28). Це може бути період відпустки, відрядження, тимчасової непрацездатності тощо.
Саме це правило слід застосовувати при визначенні норми робочого часу, у разі якщо працівник звільняється до закінчення облікового періоду. Тобто, при звільненні працівника обліковий період закінчиться для нього в останній день його роботи. А отже, й норма робочого часу для нього буде визначатися на період часу з моменту початку облікового періоду і по день звільнення.
І якщо загальна кількість годин, відпрацьованих працівником з початку облікового періоду до моменту звільнення, перевищить нормальну тривалість робочого часу у зазначеному періоді, то робота понад нормальну кількість робочих годин визнаватиметься надурочною та оплачуватиметься в подвійному розмірі відповідно до ст. 106 КЗпП. https://7eminar.ua/news/671-zvilnennya-do-zaversennya-oblikovogo-periodu-oplacujemo-nadurocni-godini
Щодо переплати, то нормативно це не визначено, тобто якщо у вас графік побудований таким чином, що норма вийшла менше ніж календарна, то працівнику все рівно у разі відпрацювання такої норми має бути арахований повний оклад. Утримання тут не передбачено.

Щодо працівників із неповним робочим часом, то для них недоцільно вводити підсумований облік робочого часу. Хоча в законодавстві прямої заборони немає.

Раді допомогти, звертайтесь ще!