Так, Ви все правильно розумієте. При переведенні отримуєте від працівника заяву на переведення, на підставі якої видаєте наказ. Звільняти і знову приймати на роботу не потрібно. ДПС не повідомляєте, оскільки не йдеться про укладання ТД. Про переведення працівника на іншу посаду зазначаєте в додатку 5 Податкового розрахунку.

Переведення на іншу роботу на тому ж підприємстві, в установі, організації, а також переведення на роботу на інше підприємство, в установу, організацію або в іншу місцевість, хоча б разом з підприємством, установою, організацією, допускається тільки за згодою працівника (ч. 1 ст. 32 КЗпП https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08#n188 ).

Щодо головного інженера і начальника виробництва, то можете прийняти. Для головного інженера не потрібно утворювати відділу, а для начальника виробництва вводити до ШР посаду заступника.

Підприємство самостійно визначає свою організаційну структуру, встановлює чисельність працівників і штатний розпис (ч. 3 ст. 64 ГК https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/436-15#n485 ).

Раді допомогти, звертайтесь ще!