Так, враховуйте.

Відповідно до п. 3 ст. 9 Закону «Про відпустки» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/504/96-%D0%B2%D1%80/conv#n70) час, коли працівник фактично не працював, але за ним зберігалося місце роботи (посада) і йому виплачувалася допомога по державному соціальному страхуванню (тобто період перебування на лікарняному, який було оплачено) враховується до стажу для надання щорічної основної відпустки.

Також виплати за лікарняним враховуються при обчислення середньої зарплати для розрахунку компенсації за невикористані дні відпусток – це прямо передбачено у п. 3 Порядку обчислення середньої заробітної плати, затвердженого постановою КМУ від 08.02.1995 р. № 100 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/100-95-п#Text): при обчисленні середньої заробітної плати для оплати за час відпусток або компенсації за невикористані відпустки, крім зазначених вище виплат, до фактичного заробітку включаються виплати за час, протягом якого працівнику зберігається середній заробіток (за час попередньої щорічної відпустки, виконання державних і громадських обов'язків, відрядження, вимушеного прогулу тощо) та допомога у зв'язку з тимчасовою непрацездатністю.

Раді допомогти, звертайтесь ще!