Вам не потрібно продовжувати випробування.

Відповідно до ч. 5 ст. 35 Закону «Про державну службу» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/889-19/conv#n428) якщо державний службовець у період випробування був відсутній на роботі у зв'язку з тимчасовою непрацездатністю, перебуванням у додатковій відпустці у зв'язку з навчанням або з інших поважних причин, строк випробування продовжується на відповідну кількість днів, протягом яких він фактично не виконував посадові обов'язки.

За Ваших же обставин працівник перебував у щорічній основній відпустці, тому випробування на цей час не продовжується (оскільки таку відпустку Ви надали за власною згодою (на відміну, від лікарняного чи «навчальної» відпустки тощо), тому завчасно погодилися на фактичне зменшення строку випробування на відповідну кількість днів).

До того ж, навіть якби Ваш працівник був відсутній два дні на роботі не через перебування у щорічній основній відпустці, а, приміром, через тимчасову непрацездатність, випробування все одно не потрібно було б продовжувати – за обставин, коли «продовження» випробування припадає на вихідні дні, його не продовжують, бо оскільки термін випробування рахується у календарних днях, а не в робочих, то й продовжувати строк випробування потрібно у календарних днях, а коли вони припадають на суботу та неділю у цьому немає жодного сенсу.

Раді допомогти, звертайтесь ще!