Лікар-інтерн вже проходить післядипломну підготовку (інтернатуру), тобто фактично він працює і навчається одночасно.
Якщо він додатково навчається на військовій кафедрі при ВНЗ (має навчальні збори, сесії тощо), то це не є другим навчанням у ВНЗ за освітньою програмою. Це спеціальний елемент військової підготовки студентів.

Відпустки у зв'язку з навчанням у вищих навчальних закладах, навчальних закладах післядипломної освіти та аспірантурі передбачені Законом України «Про відпустки» від 15.11.1996 № 504/96-ВР https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/504/96-%D0%B2%D1%80#n159

Але окремої навчальної відпустки для проходження військової підготовки (кафедри) законом не передбачено Натомість:

Для проходження зборів на військовій кафедрі або інших військових заходів лікар-інтерн має право на збереження місця роботи і середнього заробітку згідно зі ст. 119 КЗпП https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08#n709. Тобто у випадку виїзду на збори, заняття , йому не оформлюють навчальну відпустку, а оформлюють наказом увільнення від виконання трудових обовязків у зв’язку з виконанням державних або громадських обов’язків (із збереженням заробітку).

Раді допомогти, звертайтесь ще!