Ні, не враховується.

Періоди, за які надається щорічна основна відпустка, зазначені у ч. 1 ст. 9 Закону «Про відпустки» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/504/96-%D0%B2%D1%80/conv#n70) – це періоди фактичної роботи, щорічних та соціальних відпусток, простою, лікарняних тощо. Такого ж періоду як неявка з нез'ясованих причин у цьому переліку немає (у цей період працівник фактично не працював, не отримував допомогу по державному соціальному страхуванню, за ним не зберігався середній заробіток), тож щорічна відпустка за час неявки з нез'ясованих причин не нараховується, у т. ч. і при обчисленні грошової компенсації.

Раді допомогти, звертайтесь ще!