Перший варіант.

Звісно, Ви мали реєструвати та вести Журнали реєстрації окремо для наказів тривалого та тимчасового строків зберігання – наразі ж, якщо вже так сталося, доведеться зберігати всі накази разом протягом найбільшого зі строків зберігання – тобто 75 років.

З початку нового року Вам варто здійснювати реєстрацію наказів тривалого та тимчасового строку зберігання окремо – адже відповідно до п. 2 гл. 3 розд. ІІІ Правил організації діловодства та архівного зберігання документів у державних органах, органах місцевого самоврядування, на підприємствах, в установах і організаціях, затверджених наказом Мін'юсту від 18.06.2015 р. № 1000/5 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0736-15/conv#n319), розпорядчі документи з кадрових питань (тобто накази та розпорядження) реєструються окремо відповідно до їх видів та строків зберігання.

Раді допомогти, звертайтесь ще!