Так, маєте компенсувати.

Згідно з п. 2 ч. 1 ст. 9 Закону «Про відпустки» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/504/96-%D0%B2%D1%80/conv#n70) час, коли працівник фактично не працював, але за ним згідно із законодавством зберігалися місце роботи (посада) та заробітна плата повністю або частково, також зараховується до стажу роботи, що дає право на щорічну основну відпустку. Оскільки ж Ваш працівник уклав договір саме з ТРО (а не був призваний на військову службу), то в період відсутності такого працівника за ним зберігається місце роботи, посада та середній заробіток відповідно до ч. 1 ст. 119 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n709) – отже, і дні відпустки за час увільнення від роботи нараховуються, тож і грошова компенсація за них при звільненні має бути виплачена.

Раді допомогти, звертайтесь ще!