Звільняйте, як і збиралися, кошти, виплачені як відпускні, за дні перебування на лікарняному зарахуєте як грошову компенсацію, лікарняний оплатите після того, як він буде готовий до сплати.

Оскільки відпускні вже були виплачені, бухгалтерії слід буде провести виправлення (сторнування) нарахованих за ці дні сум відпускних й з урахуванням цього виплатити грошову компенсацію за невикористані дні відпустки (тобто слід буде нарахувати грошову компенсацію за всі невикористані працівником дні щорічної відпустки (у т. ч. й «недогуляні» внаслідок лікарняного) та відняти від отриманої суми вже «зайво» виплачені відпускні за відповідну кількість днів відпустки).

Оплату лікарняного проведете не в день звільнення, а у стандартному порядку після того, як лікарняний буде готовий до сплати (це не вважатиметься невиплатою з вини роботодавця належних звільненому працівникові сум у строки, визначені ст. 116 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n697), оскільки у даній ситуації відсутня вина роботодавця – в день звільнення лікарняний ще не був готовий до сплати і з ним не можна було працювати).

Раді допомогти, звертайтесь ще!