Чи потрібно подавати декларацію новому начальнику філії

Ні, не повинен.

Філія – це відокремлений підрозділ юридичний особи, який знаходиться поза її місцезнаходженням та здійснює всі або частину її функцій. Філія не є юридичною особою. Оскільки ж відповідно до Закону «Про внесення змін до деяких законів України про визначення порядку подання декларацій осіб, уповноважених на виконання функцій держави або місцевого самоврядування, в умовах воєнного стану» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/3384-20#Text) декларації мають подавати лише керівники та заступники юридичної особи публічного права (керівники нижчого за ієрархією рівня (структурних підрозділів) та інші працівники, які мають повноваження здійснювати організаційно-розпорядчі чи адміністративно-господарські функції, подавати декларації не повинні), то виконувачу обов'язки начальника філії подавати декларацію не потрібно.

Раді допомогти, звертайтесь ще!