Ні, це не буде пониженням.

Обидві посади, як директор департаменту, так і начальник відділу, відносяться до одного угруповання Класифікатора професій ДК 003:2010 (https://zakon.rada.gov.ua/rada/show/va327609-10#Text) – «Керівники функціональних підрозділів», тож оскільки у Вашому випадку зміна назви структурного підрозділу є лише формальною (тобто оклад зменшено не буде), то й вважати таку зміну назви посади пониженням немає підстав.

Відповідно до ч. 3 ст. 64 Господарського кодексу (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/436-15/conv#n485) підприємство самостійно визначає свою організаційну структуру, встановлює чисельність працівників і штатний розпис. Тож для видання наказу про зміну організаційної структури Вам взагалі не обов'язково вказувати будь-яку підставу, а от для наказу про внесення змін до штатного розпису й буде підставою саме наказ про зміну оргструктури.

Раді допомогти, звертайтесь ще!