Звісно дуже погано що у вас немає документів про перебування працівника у навчальній частині. Утім навряд у ситуації яку ви описали вдасться одержати які-небудь документи від ТЦК, а тим більше навчальної частини (адже це буде фактично підтвердженням незаконного утримання фізособи).

З огляду на сказане, у вас відпочатку відсутність працівника на роботі мала бути протабельована, як відсутність з нез'ясованих причин (НЗ). Після того як працівник з'явився на підприємстві він може надати письмові пояснення щодо відсутності, керівництво визнає таку відсутність поважною і ви можете замінити код НЗ на код І (інші причини неявок).

Власне такі дні не будуть оплачені, але й не будуть визнані прогулом.

Раді допомогти, звертайтесь ще!