Військовий облік: обов'язки працівника та оплата відсутності на роботі

Ні, не потрібно.

Відповідно до п. 63 Порядку проведення призову громадян на військову службу під час мобілізації, на особливий період, затвердженого постановою КМУ від 16.05.2024 №560, військовозобов’язані, у яких строк дії відстрочки від призову на військову службу під час мобілізації, на особливий період не завершився, на медичний огляд не направляються.

За виключенням таких випадків:

підписання контракту для проходження військової служби;
досі мають рішення ВЛК з формулюванням «Непридатний до військової служби у мирний час, обмежено придатний у воєнний час» та не проходили повторний медичний огляд (за винятком осіб з інвалідністю, визнаних такими у встановленому порядку);
самостійно виявили бажання пройти медичний огляд.

Отже, військовозобов'язаному з відстрочкою проходити ВЛК не потрібно.

Стосовно другого питання. Ви оплачуєте лише ті дні проходження ВЛК які підтверджуються документально.
Тобто, якщо це один день, достатньо направлення (Скрін направлення з Резерв+). Якщо відсутній більше днів, повинен надати підтвердження, що був саме у лікувальному закладі.
Це може бути Довідка ВЛК або довідка про проходження медогляду — видається самою військово-лікарською комісією, де чітко зазначено дати (або дата) проходження огляду. Якщо після повернення працівник не надає підтверджуючих документів, дні відсутності слід перекваліфікувати. Зокрема, оформити їх як відпустку без збереження заробітної плати за згодою сторін

Раді допомогти, звертайтесь ще!