Чи правильно я розумію, що спочатку надали повістку про вибуття з речами у військовму частину? Тобто, ви зробили увільнення у зв"язку із мобілізацією? В такому випдаку ви не повинні були зберігати за працівником заробітну плату, лише місце роботи і посаду відповідно до ч.3 ст. 119 КЗпП. Тобто, не повинні були нічого нараховувати.

Крім оплати, у вас немає жодних проблем. Попросіть працівника написати заяву, в якій зазначити, що у зв"язку з повідомленням посадової особи (вказати посаду особу і орган, де вона працює) про перенесення дати зарахування до військової частини (чи перенесенням дати початку служби) на невизначений час "прошу дозводити продовження виконання посадових обов"язків. На підставі цієї заяви ви можете скасувати наказ про увільнення і допустити працівника до роботи. Такі випадки періодично трапляються і достатньо лише скасувати наказ про увільнення на підставі заяви працівника. Раді допомогти, звертайтесь ще!