Відповідно до ст. 8 Закону "Про альтернативну службу" https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/1975-12#Text громадянин, направлений на альтернативну службу, не має права ухилятися від проходження альтернативної служби.
Ухиленням від проходження альтернативної служби вважається, зокрема, неприбуття без поважних причин на місце проходження альтернативної служби, зазначене у направленні, або прибуття із запізненням більше ніж на три календарні дні.
У разі ухилення громадянина від проходження альтернативної служби або вчинення інших дій, передбачених частиною першою цієї статті, місцева державна адміністрація може скасувати своє рішення про направлення його на альтернативну службу, про що протягом п’яти календарних днів у письмовій формі повідомляє громадянина і територіальний центр комплектування та соціальної підтримки, після чого громадянин підлягає призову на строкову військову службу на загальних підставах.
Відповідно до ст. 16 цього закону до строку альтернативної служби не зараховуються час прогулу. При цьому строк альтернативної служби продовжується на невідпрацьований час.
У разі самовільного припинення або систематичного невиконання без поважних причин покладених на громадянина службових обов’язків власник підприємства, установи, організації або уповноважений ним орган має право звернутися до відповідного структурного підрозділу місцевої державної адміністрації з клопотанням про дострокове розірвання трудового договору.
Власник підприємства, установи, організації або уповноважений ним орган не має права в односторонньому порядку достроково розірвати трудовий договір з громадянином, який проходить альтернативну службу.
Тобто, вам потрібно звернутися до адміністрації. Тальки в такому порядку ви можете розірвати трудовий договір з працівником, який проходить у вас альтернативну службу. Раді допомогти, звертайтесь ще!