Заголовок тимчасово відсутній

Звільнювати за прогул, ймовірно, не сама гарна ідея, якщо працівник дійсно служив і, можливо, йому потрібна якась реабілітація. Але, звісно, що все залежить від причин відстуності на роботі.
Якщо вам точно відомо, що працівника виключили з особового складу ЗСУ, то скасуйте наказ на увільнення, направте працівнику лист із проханням надати пояснення відсутності на роботі.
На підставі цих пояснень, будете вирішувати, що робити.

У вас є варіанти: 1) звільнити за прогул, якщо не буде поважної причини 2) визнати причину відстуності поважною і звільняти за прогул. В будь-якому випадку зі час відстуності ЗП не виплачуєтья, дні щорічнох відпустки не набігають.
Табелювати можна як "НЗ" (неявка з нез"ясованих причин). Після надання пояснень, можна буде відкорегувати.

Якщо працівник нічого не надає і у вас немає підтверження, що він закінчив службу, немає підстав навіть скасувати наказ на увільнення.

Раді допомогти, звертайтесь ще!