Ні, не передбачається.

Доплата за виконання обов'язків відповідно до ст. 105 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n643) встановлюється лише тоді, коли на когось з працівників підприємства покладається виконання обов'язків іншого працівника (тобто такі функції не передбачені в його посадовій інструкції).

У разі ж, якщо у посадовій інструкції Вашого заступника головного бухгалтера прописано, що він має виконувати обов'язки головного бухгалтера за його тимчасової відсутності, то ані видавати наказ про виконання обов'язків головного бухгалтера, ані доплачувати заступнику за таку роботу не потрібно – за таких обставин це одна із трудових функцій заступника головного бухгалтера, на яку він надав згоду ще під час прийняття на роботу, і виконання якої оплачується в межах його посадового окладу.

Раді допомогти, звертайтесь ще!