Згідно з пунктом 4 частини 1 статті 40 Кодексу законів про працю України, прогулом вважається відсутність на роботі понад три години протягом робочого дня без поважних причин.

Візит до ТЦК для уточнення даних або постановки на облік є виконанням військового обов'язку, що за законом є поважною причиною. Навіть якщо працівник пішов не до того ТЦК, який вказаний у розпорядженні, він все одно виконує державний обов'язок.
Відповідно до частини 2 статті 119 КЗпП та частини 2 статті 21 Закону № 2232, на час виконання обов'язків, пов'язаних із взяттям на військовий облік, працівники звільняються від роботи із збереженням місця роботи, посади та середньої заробітної плати.
Попросіть працівника надати документ із ТЦК м. Києва, який підтверджує його перебування там у ці дні.
У табелі обліку робочого часу такі дні позначаються кодом «ІН» (інший невідпрацьований час, передбачений законодавством) або цифровим кодом «22». Це не є прогулом, тому догана не виноситься.
Поки працівник не надав підтвердження, у табелі можна ставити код «НЗ» (неявка з нез'ясованих причин). Після надання довідки «НЗ» змінюється на «ІН».
Взаємодія із ТЦК м. Запоріжжя: Оскільки ви вже надіслали наказ про оповіщення до Запорізького ТЦК, вам потрібно убезпечити підприємство від штрафу за «незабезпечення прибуття».

Рекомендація: Надішліть до ТЦК м. Запоріжжя супровідний лист, у якому поясніть, що працівник з'явився до ТЦК за місцем фактичного проживання (у Києві) для оновлення даних, та додайте копію підтвердного документа (якщо він уже є). Це підтвердить, що і підприємство, і працівник діють сумлінно.

Якщо ви все ж не хочете проводити це як виконання державних обов'язків (наприклад, щоб не платити середній заробіток), можна оформити ці дні як:

Відпустку без збереження заробітної плати (за заявою працівника).
Щорічну відпустку (якщо є невикористані дні).
Однак, з юридичної точки зору, найбільш правильним є саме увільнення зі збереженням середнього заробітку на підставі документа з будь-якого ТЦК, де працівник фактично оновлював дані.

Раді допомогти, звертайтесь ще!