Варіант Б для вас буде вірний.
Відповідно до п.8 Порядку 1487 Обов’язки з ведення військового обліку в державних органах, органах місцевого самоврядування, на підприємствах, в установах та організаціях покладаються на працівників служби персоналу, служби управління персоналом (далі - служба персоналу).
У разі відсутності штатної одиниці служби персоналу обов’язки з ведення військового обліку покладаються на особу, яка веде облік працівників в державному органі, органі місцевого самоврядування, на підприємстві, в установи, організації.
У разі наявності в державних органах, органах місцевого самоврядування, на підприємствах, в установах та організаціях двох і більше осіб, відповідальних за ведення військового обліку, їх об’єднують в окремий підрозділ (відділ, сектор, групу тощо).
Тобто, окремі посади і окремий підрозділ потрібно робити, якщо у вас буде 2 і більше відповідальний за ведення військового обліку. А 2 відповідальних особи вам потрібні лише, якщо у вас більше 2000 осіб, по яким потрібно вести військовий облік. Звісно, що закон не забороняє утворити окрему штатну одиницю, але це не обов"язково. І на мою думку, цілком правильним буде варіант Б. Раді допомогти, звертайтесь ще!