Ні, не зберігаються. Правилами 1000/5 наведений вичерпний перелік документів, які зберігають в особовій справі. Накази про надбавки, преміювання, доплату, матеріальну допомогу мають зберігатися в справі із кадровими наказами тривалого строку зберігання (чи в іншій визначений вашими локальними локументами справі).
Пунктом 12 глави 2 розділу IV Правил 1000/5 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0736-15 перелічено документи, які містяться в особовій справі. Так, в особових справах, що формуються впродовж усього часу роботи працівника в установі, документи групуються в хронологічному порядку в міру їх надходження (поповнення) (заява про прийняття на роботу, письмовий трудовий договір (контракт), копії або витяги з розпорядчих документів (наказів, розпоряджень) про прийняття на роботу, особовий листок з обліку кадрів, доповнення до особового листка з обліку кадрів, автобіографія, копія паспорта, копія облікової картки платника податків (крім фізичних осіб, які через свої релігійні переконання відмовляються від прийняття реєстраційного номера облікової картки платника податків та повідомили про це відповідний контролюючий орган і мають відмітку у паспорті), копія військового квитка (у разі наявності), копії документів про освіту, науковий ступінь, вчене звання, заяви про переведення на іншу роботу (посаду), сумісництво, зміну біографічних даних, копії або витяги з розпорядчих документів (наказів, розпоряджень) про переведення на іншу роботу (посаду), сумісництво, копії документів, що є підставами для надання пільг (за наявності), копії документів про внесення змін до облікових документів у зв’язку зі зміною біографічних даних (прізвища, імені, по батькові), характеристики, копії документів про підвищення кваліфікації, стажування, заохочення (нагородження, преміювання), документи з атестації, заява про звільнення з роботи, копії або витяги з розпорядчих документів (наказів, розпоряджень) про звільнення з роботи). Тобто накази про надбавки, преміювання, доплату, матеріальну допомогу не зберігаються в особовій справі, оскільки це не передбачено правилами 1000/5. Вони мають зберігатися в справі із кадровими наказами тривалого строку зберігання (чи в іншій визначений вашими локальними локументами справі).

Раді допомогти, звертайтесь ще!