Не обов'язково.

Оскільки працівник вже все одно звільнятиметься за власним бажанням чи за угодою сторін, то у табелі обліку використання робочого часу можна просто залишити «НЗ» й пояснення від працівника щодо його відсутності не витребувати – це якби він залишався працювати у Вас на підприємстві, то потрібні були б пояснення, аби відкоригувати позначки у табелі, приміром, на «І» (інші причини неявок), чи якби у Вас були наміри звільнити працівника за прогул на «ПР».

За Ваших же обставин достатньо за заявою працівника видати наказ про звільнення та в день звільнення, відповідно до ст. 116 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n697), виплатити працівнику грошову компенсацію за невикористані дні щорічної відпустки.

Раді допомогти, звертайтесь ще!