Можливі обидва варіанти – це має вирішити працівниця.

Відпустку по вагітності та пологах можна надати лише за заявою працівниці, якщо такої заяви не буде – продовжуватиметься відпустка по догляду за дитиною до трьох років.

Тож якщо працівниця напише заяву про надання відпустки по вагітності та пологах, то таку відпустку слід буде надати (ні подавати заяву, ні видавати наказ про переривання відпустки по догляду за дитиною до трьох років не потрібно – з наданням Вашій працівниці відпустки по вагітності та пологах, відпустка по догляду за дитиною припиниться автоматично, оскільки перебувати одночасно у двох відпустках (будь-яких) не можна).

У разі ж, якщо працівниця не подаватиме заяву про надання відпустки по вагітності та пологах, то Ви самостійно наказ про надання такої відпустки видати не зможете і у працівниці й надалі продовжуватиметься відпустка по догляду за дитиною до трьох років.

Лікарняний же потрібно буде оплатити у будь-якому випадку в розмірі 100% середньої заробітної плати відповідно до ч. 1 ст. 19 Закону «Про загальнообов'язкове державне соціальне страхування» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/1105-14/conv#n1362) – незалежно від того, чи буде працівниця оформлювати відпустку по вагітності та пологах чи ні.

Раді допомогти, звертайтесь ще!