Так, враховуються.

Відповідно до абз. 4 п. 3 Порядку обчислення середньої заробітної плати, затвердженого постановою КМУ від 08.02.1995 р. № 100 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/100-95-%D0%BF#Text), при обчисленні середньої заробітної плати для оплати часу відпусток та виплати компенсації за невикористані дні відпустки до фактичного заробітку, серед іншого, включається і допомога у зв'язку з тимчасовою непрацездатністю.

Тож при розрахунку компенсації за щорічні відпустки (як основні, так і додаткові) для визначення середньої заробітної плати за останні 12 місяців також включаються і лікарняні.

Якщо ж Ви мали на увазі розрахунок не суми компенсації, а днів відпустки, то період перебування на лікарняному враховується до стажу для надання щорічної основної відпустки, але не враховується до стажу для надання щорічної додаткової (у т. ч. і у зв'язку із підвищеним нервово-емоційним навантаженням) відпустки (ст. 9 Закону «Про відпустки» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/504/96-%D0%B2%D1%80/conv#n70)).

Раді допомогти, звертайтесь ще!