Чи може головний бухгалтер підпорядковуватися заступнику директора підприємства

Так, це можливо.

Закон України «Про бухгалтерський облік та фінансову звітність» (ст. 8) https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/996-14#n113 визначає, що питання організації бухгалтерського обліку на підприємстві належать до компетенції власника (керівника). Керівник може створювати бухгалтерську службу, очолювану головним бухгалтером, і визначати її місце в структурі управління.
Головний бухгалтер підпорядковується безпосередньо керівнику підприємства (генеральному директору), але підприємство має право встановлювати іншу підпорядкованість, якщо це не суперечить статуту та внутрішнім положенням.

Для цього у статуті або у положенні про бухгалтерську службу можна передбачити, що головний бухгалтер підпорядковується заступнику генерального директора з питань бухгалтерського обліку та оподаткування.
У посадовій інструкції головного бухгалтера слід прописати, кому саме він підпорядковується.
У наказі про затвердження структури підприємства також варто відобразити таку схему.

Навіть якщо головний бухгалтер формально підпорядковується заступнику генерального директора, відповідальність за організацію бухобліку та звітності все одно несе керівник підприємства (гендиректор). Це прямо закріплено в законі.

Отже, головний бухгалтер може бути підпорядкований Заступнику гендиректора з питань бухобліку та оподаткування, якщо це затверджено статутними документами та внутрішніми положеннями підприємства.

Раді допомогти, звертайтесь ще!