Списки потрібно буде зареєструвати після їх роздрукування.

Роздрукувати і зареєструвати списки ви повинні до 25.01 станом на 01.01 (п.40 Порядку 1487 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/1487-2022-%D0%BF#Text. Реєстрація такого списку буде відбуватися як звичайного внутрішнього документу.
Тобто, це може бути просто журнал реєстрації внутрішньої документації. Або заведіть окремо журнал реєстрації списків персонального військового обліку.
Ще один варіант, коли може виникнути потреба роздрукувати списки (раніше січня місяця чи пізніше) - це наявність вимоги ТЦК про необхідність надати списки на поточну дату. В такому випадку вам доведеться роздрукувати список. Його можна не реєструвати, а зареєструвати лише супровідний лист як вихідних документ і список зробити додатком до цього листа.
Отже, Списки реєструєте, як внутрішню документацію станом на 01.01., і як вихідний документ, коли надаєте до ТЦК та СП.

Раді допомогти, звертайтесь ще!