Можливі обидва варіанти.

Оскільки із фактичним виходом на роботу основного працівника завершується термін договору з Вашим тимчасовим працівником, то Ви можете його звільнити за п. 2 ст. 36 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n204) у зв'язку із закінченням строку трудового договору, а надалі – повторно прийняти на роботу за строковим трудовим договором.

Також можливий і варіант переведення (він зручніше, аніж звільнення-прийняття, оскільки простіший в оформленні – потрібна буде лише заява працівника та Ваш наказ) – відповідно до ч. 1 ст. 32 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n188) Ви можете, за згодою працівника, перевести його на іншу посаду й обмежень при наявності з працівником строкового трудового договору немає. Зразок наказу про переведення працівника на іншу посаду за строковим договором є у нашому розділі «Документи» за посиланням: https://api.kadroland.com/documents/download/7949 (у ньому строк договору обмежено періодом мобілізації основного працівника, а Ви зазначте потрібні Вам 3 місяці).

Раді допомогти, звертайтесь ще!