Так, лікарняний потрібно оплатити.

Оскільки наразі лікарняні оплачуються як за основним місцем роботи, так і за сумісництвом, у Вас немає підстав для відмови в оплаті лікарняного. І Ваша працівниця, якщо в неї вже є наявне інше місце роботи, дійсно вважається у Вас сумісником – адже саме у Вас лікарняний надано за сумісництвом, тож на роботу до іншого КНП вона влаштувалася ще до її поновлення на роботі на Вашому підприємстві, відповідно, й поновити її на роботі Ви могли лише як сумісника. Незважаючи на поновлення, двох основних місць роботи у працівниці бути не може, тож вона мала обрати, яке саме підприємство є для неї основним роботодавцем – наразі, згідно з п. 12 ч. 1 ст. 1 Закону «Про збір та облік єдиного внеску на загальнообов’язкове державне соціальне страхування» (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2464-17/conv#n9), основним місцем роботи є місце роботи, де працівник працює на підставі укладеного трудового договору, та визначене ним як основне згідно з поданою заявою (до відкликання) і відомостями, що обліковуються в реєстрі застрахованих осіб Державного реєстру на її підставі. Оскільки ж працівниця не подавала на іншому підприємстві заяву про зміну місця роботи з основного на сумісництво (інакше це вбачалося б з Держреєстру), то у Вас вона може працювати лише за сумісництвом.

Раді допомогти, звертайтесь ще!