Ні, це не порушення. Підприємство самостійно визначає свою організаційну структуру, встановлює чисельність працівників і штатний розпис (ч. 3 ст. 64 ГК https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/436-15#n485 ). Тому в ШР можуть бути вакантні посади.
ШР не персоніфікований документ. Штатний розпис ― це організаційний документ, у якому визначається перелік посад (професій), кількість штатних одиниць, розмір посадових окладів, надбавок і доплат за умови, що останні передбачені системою оплати праці й мають постійний характер (наприклад, за ранг державного службовця, науковий ступінь, вчене звання, вислугу років, роботу в нічний час тощо) (Збірник уніфікованих форм організаційно-розпорядчих документів, схваленого протоколом Методичної комісії Укрдержархіву від 22.11.2015 № 7). Тобто в ШР вказуєте кількість штатних одиниць, необхідних для виконання цієї роботи, посадовий оклад за посадою та місячний фонд оплати праці, що розраховуєте шляхом множення посадового окладу на кількість штатних одиниць. Прізвища працівників в ШР не зазначають. Щодо нового ШР, то так, можете підготувати ШР з тими штатними посадами та штатними одиницями, які наразі є не вакантними та введіть його в дію, визнавши таким, що втратив чинність попередній ШР. Оскільки виводите лише вакантні посади, більше нічого робити не потрібно. Раді допомогти, звертайтесь ще!