Так, економіст говорить правильно. Лікарю ЗПСМ доплата за суміщення нараховується до його основної посади, а не вакантної.

Згідно з пунктом 3.1.1 спільного наказу Мінпраці та МОЗ "Про впорядкування умов оплати праці працівників закладів охорони здоров'я та установ соціального захисту населення" від 05.10.2005 № 308/ 519 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z1209-05#n194

доплата за суміщення посад проводиться у розмірі до 50 відсотків посадового окладу за основною посадою.
Отже, доплата розраховується від окладу (тарифної ставки), який встановлено лікарю ЗПСМ у штатному розписі (його основна посада).

Текст наказу може звучати так:

" Встановити лікарю ЗПСМ [Прізвище, Ім'я, По батькові] без увільнення іі від основної роботи, обумовленої трудовим договором, виконання додаткової роботи на умовах суміщення за посадою завідувача амбулаторії з доплатою в розмірі 50 відсотків посадового окладу за основною посадо з ( дата)".

Раді допомогти, звертайтесь ще!