Тут потрібно зясувати, що саме вас цікавить - питання щоб не нараховувати індексацію суміснику чи питання в підвищенні посадового окладу?
Для сумісників діє особливий механізм індексації ЗП. Як правило якщо вони працюють за основним місцем роботи на повну зайнятість, то індексація буде нарахована тільки за основним місцем роботи. Якщо ж за основним місцем роботи працівник працює із неповним робочим часом, то за сумісництвом може бути проіндексована ЗП. Так, відповідно до Порядку 1078 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/1078-2003-%D0%BF Особі, яка працює за сумісництвом, видається на її вимогу довідка з основного місця роботи про розмір доходу, що підлягає індексації, та проіндексованого доходу. На підставі цієї довідки провадиться індексація доходів від роботи за сумісництвом у межах суми, що не перевищує прожиткового мінімуму, встановленого для працездатних осіб, з урахуванням отриманої заробітної плати за основним місцем роботи.
Але враховуйте що базовий місяць за кожним місцем роботи (посадою) визначається окремо. Тому коеф. індексації може бути різним. А саму суму індексації визначають з урахуванням зайнятості / відпрацьованого часу. Тобто якщо за сонвоним місцем роботи нараховують повну суму індексації, суміснику зарплата не буде індексуватись.
Якщо питання тільки в підвищенні окладу, то ви оклади підвищуєте не конкретним працівникам, а по посадам, які передбачені в штатному розписі, в тому числі на яких працюють і сумісники. Відповідно до ст. 96 КЗпП https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08#Text Системами оплати праці є тарифна та інші системи, що формуються на оцінках складності виконуваних робіт і кваліфікації працівників.
Тарифна система оплати праці включає: тарифні сітки, тарифні ставки, схеми посадових окладів, професійні стандарти та кваліфікаційні характеристики (за відсутності професійних стандартів).
Тарифна система оплати праці використовується при розподілі робіт залежно від їх складності, а працівників - залежно від кваліфікації та за розрядами тарифної сітки. Вона є основою для формування та диференціації розмірів заробітної плати.
Тарифна сітка (схема посадових окладів) формується на основі тарифної ставки робітника першого розряду та міжкваліфікаційних (міжпосадових) співвідношень розмірів тарифних ставок (посадових окладів). При чому мінімальний посадовий оклад (тарифна ставка) встановлюється у розмірі, не меншому за прожитковий мінімум, встановлений для працездатних осіб на 1 січня календарного року.
Тобто у вас оклади за посадами мають бути диференціьовані. Відповідно якщо ви підвищуєте розмірі мінімального окладу, автоматично збільшуються усі посадові оклади в залежності від тарифного розряду та тарифного коефіцієнту. Тобто при такому підвищенні оклад буде підвищуватись і за посадами сумісників.

Раді допомогти, звертайтесь ще!