Чи може оклад директора бути нижчим за інженера-програміста

Ні, не може.

Відповідно до ч. 1 та ч. 3 ст. 96 Кодексу законів про працю України (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08#n609):

системами оплати праці є тарифна та інші системи, що формуються на оцінках складності виконуваних робіт і кваліфікації працівників;

при побудові тарифної сітки чи схеми посадових окладів треба забезпечити диференціацію розмірів оплати праці саме залежно від міжпосадових коефіцієнтів із урахуванням вимог до кваліфікації та складності робіт.

Зокрема, відповідно до Випуску 1 ДКХП, затвердженому наказом Мінпраці від 29.12.2004 №336 (https://zakon.rada.gov.ua/rada/show/v0336203-04#o96), складність робіт та кваліфікаційні вимоги у будь-яких інших працівників нижчі ніж у директора, оскільки він має керувати усіма підрозділами підприємства та несе відповідальність за роботу підприємства в цілому.

Тому посадовий оклад директора не може бути нижчим за оклад будь-кого з інших працівників, у т. ч. і інженера з програмного забезпечення.

Раді допомогти, звертайтесь ще!