Ні, не можна.

Відповідно до ст. 95 Цивільного кодексу (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/435-15/conv#n515) філія не є юридичною особою – це відокремлений підрозділ юридичної особи, що розташований поза її місцезнаходженням та здійснює всі або частину її функцій. Таким чином, оскільки у Вас відбувається ліквідація не підприємства, а лише філії, то звільнити мобілізованого працівника до завершення його військової служби Ви не можете, оскільки це забороняє ч. 3 ст. 119 КЗпП (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08/conv#n709) (от якби відбувалася повна ліквідація усього підприємства, тоді можна було б звільнити і мобілізованого працівника).

За Ваших же обставин потрібно домовитись із мобілізованим працівником про його переведення до іншої філії чи структурного підрозділу основного підприємства – за заявою працівника таке переведення можна провести і під час його мобілізації.

Раді допомогти, звертайтесь ще!