Так, це відокремлений підрозділ, проте ВЗ потрібно було сплачувати за місцем реєстрації юридичної особи.

Наскільки зрозуміло із Вашого запитання, Ваш відокремлений відділ (працівники, які працюють у м. Рівне) не уповноважений нараховувати та виплачувати заробітну плату, тож, згідно з пп. 3 п. 4 ст. 168 Податкового кодексу (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17/conv#n3877), усі обов'язки податкового агента виконує юридична особа за своїм місцезнаходженням – тож уточнюючий звіт Вам подавати не потрібно.

Водночас, ПДФО для працівників неуповноважених підрозділів сплачується до місцевого бюджету за місцем їхнього розташування, але військовий збір сплачується до бюджету місцезнаходження за розташуванням юридичної особи (оскільки військовий збір є частиною загального фонду Державного бюджету, а не місцевих бюджетів).

До бюджету за місцезнаходженням юридичної особи (м. Київ) потрібно доплатити військовий збір за весь період, а щодо сплаченого військового збору за місцезнаходженням відокремленого підрозділу (м. Рівне) подати заяву про помилково сплачений військовий збір.

Раді допомогти, звертайтесь ще!